El Laboratorio de Obito se encuentra en la Montaña Cementerio solo fue visto cuando se teletransportó a sí mismo y a Danzō Shimura, en un intento por despegar los ojos de Shisui y cuando le trasplantó los ojos de Itachi a Sasuke. Hay muchos contenedores de vidrio, cada uno con ojos Sharingan. La finalidad del laboratorio es desconocida.