Ninjutsu (忍术; su significado literal es "Técnicas Ninja") se refiere a cualquier técnica que utiliza chakra y permite al usuario realizar acciones que una persona normal sería incapaz de hacer. A diferencia del genjutsu, que hace que el oponente experimente ilusiones, los efectos del ninjutsu son reales. El ninjutsu se basa en los distintos tipos de chakra y, la mayoría de las veces, sellos de manos para ser eficaz. Además, muchos ninjutsu se pueden clasificar como un jutsu elemental, en aquellos casos en que un elemento específico (viento, agua, fuego, tierra, rayo). Este tipo de jutsu también puede ser usado en combinación con el taijutsu creando el Nintaijutsu.

Al crear un ninjutsu, los dos métodos de manipulación de chakra se conocen como Manipulación de la Forma y la Transformación de la Naturaleza:

• La Manipulación de la Forma se ocupa de controlar la forma, movimiento, y la potencia de chakra.
• La Transformación de la Naturaleza, por lo general, se ocupa de cambiar las propiedades físicas del chakra en un elemento. (También existe la transformación de la naturaleza del Yin y el Yang, pero poco se reveló sobre esto)

Estos dos métodos pueden aplicarse por separado o en conjunto con el fin de crear un ninjutsu.

Se dice que el Sabio de los Seis Caminos fue el primero en explicar los misterios del chakra, viajando por todo el mundo para difundir sus ideas y la religión, la Ninshū (宗 忍 Shinobi Secta). Las enseñanzas estaban destinadas a dar a la gente una mejor comprensión de sí mismos, así como de los demás, y llevar al mundo a una era de paz. Sin embargo, como pasaba el tiempo, el ninshū eventualmente llegaría a ser conocido como ninjutsu, una versión más en armas que las enseñanzas del Sabio.