El Elemento Yin-Yang (陰陽遁, Onmyōton o In'Yōton) es un elemento en el cual se utilizan los elementos Yin y Yang al mismo tiempo. Yin se refiere a la propia energía espiritual y Yang a la energía física. Según Yamato este tipo de chakra es utilizado como base en algunos jutsus no elementales como: el Jutsu: Posesión de Sombra, la Jutsu: Multi Tamaño, el Ninjutsu médico y el Genjutsu.

Se da entender que la transformación del Yin y Yang se refiere a la alteración de la cantidad de energía física y mental del chakra. Según lo explicado por Shikamaru sobre los gusanos fantasma de Tayuya, es que dichas bestias son formas de chakra espiritual que se alimentan de la energía física de sus oponentes para poder mantenerse estables.

El Sabio de los Seis Caminos fue el primer ninja en utilizar este tipo de naturaleza con lo que utilizo el Yin para hacer que sus sueños tomaran forma, y luego se usa Yang para hacer sus fantasías realidad. Y podría incluso hacer que cobren vida. Según Tobi, la capacidad del Sabio fue llamado Jutsu: Creación de Todas las Cosas (万物创造, Banbutsu Sōzō), que él empleó para crear a las Bestias con Colas, en base al chakra del Bestia de Diez Colas. El Izanagi es una técnica que se basa en esta capacidad.

Madara Uchiha también, luego de obtener el Rinnegan, fue capaz de usar este elemento el cual le permitió crear al Zetsu Blanco y a otros clones más.